1、施工的连续性不同：土压平衡顶管掘进机将切削产生的泥渣土通过螺旋机排到机内，然后用专门的泥土压送装置或人工的手推车送到地面，这种方法在时间上存在着一定的间隙，使得作业无法连续进行。泥水平衡顶管掘进机利用泥水把切削下的泥土转化成泥浆，使用排泥泵排出工作井外。这种方法可以进行连续不断的作业。
2、适应的土质不同：土压平衡顶管掘进机可适用于淤泥土到沙砾土等不同土质，但对于地下水的变化适应性较差。泥水平衡顶管掘进机可适用于大部分土层，通过调整注入水压可以平衡切削断面的地下水压力，因此更稳定安全。尤其适用于地下水较高的土层，但不适用于渗水性高的土层。
3、口径大小不同：由于土压平衡顶管掘进机需要安装螺旋机出土，因此其口径不能过小，一般口径在1500mm以上，而泥水平衡式顶管掘进机不受此类限制，其口径可从400mm到4000mm。
